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도용 당하고, 비판 당할 거라는 두려움에 연구성과를 학회에 거의 발표하지 않아
사과와 관련된 유명한 일화도 이때 있었다. 1666년 과수원의 사과나무 밑에서 졸고 있던 뉴턴의 머리 위로 사과 하나가 떨어졌다. 깨어난 뉴턴은 왜 사과가 곧장 아래로 떨어졌는지 궁금했다. 그리고 마침내 그는 행성을 포함한 우주의 모든 것에 적용되는 힘, 중력이 있다는 것을 깨달았다. 이 일화는 정말 사실일까? 그것은 사실일 수도 있고 아닐 수도 있다. 그러나 말년에 뉴턴 자신은 이 이야기가 적어도 네 번은 사실이라고 주장했다.
'기적의 해'는 이것만으로 끝나지 않았다.
그의 머리는 너무 좋아서 '단지 중력'과 같은 문제가 과중되어 있지 않았다. 그는 스물두 가지 문제를 동시에 연구하고 있었다. 그 중에서도 유율법, 즉 오늘날의 미적분법이라고 하는 계산법도 만들었다. 그것 뿐만이 아니라. 그는 빛의 특성도 연구했다. 그때까지 사람들은 빛이 흰색이라고 믿었다. 그러나 그는 프리즘을 사용하여 빛이 원래 많은 색으로 이루어져 있다는 것을 증명했다. '기적의 해' 동안 아무도 그를 방해하거나 괴롭히지 않았다. 만약 뉴턴이 케임브리지에 남아 있었다면, 그는 이 모든 위대한 일들을 하지 않았을지도 모른다. 스물네 살, 다섯 살 때 일어난 일이다. 페스트가 진정되자 대학 문이 다시 열렸고 뉴턴은 케임브리지로 돌아왔다. 이제 그는 특별 연구원으로 일 할 수 있다. 그는 여전히 연구에 몰두하고 있었다. 교수 식당에서 동료들과 잡담하며 시간을 보내지도 않았고, 당시의 유행처럼 해외여행도 가지 않았다. 1669년 수학 교수 아이작 바로는 루카스의 석좌교수직을 사임하고 뉴턴에게 자리를 내주었다.
보수가 늘었고, 일주일에 한 번만 강의할 수 있을 정도로 강의의 의무도 줄어들었다. 그러나 이번에는 연구에만 치중했다. 그 강의는 별로 열의를 보이지 않았다. 그 시절 그는 먹고 자면서 보낸 시간이 부끄러웠다. 1672년 그는 기존의 굴절 망원경보다 훨씬 뛰어난 성능을 가진 반사 망원경을 발명하여 왕립학회에 보냈다. 협회는 즉각 그를 회원으로 받아들였다. 그러나 그는 왕립학회 회원들과 불화를 겪었다. 그는 자신의 연구 결과를 학계에 발표한 적이 거의 없다. 그는 자신의 아이디어가 도둑맞을지도 모른다고 생각했다. 그러나 그것보다 더 큰 이유는 비판에 대한 두려움이었다. 그 후, 뉴턴의 광학 관련 논문이 왕립학회 회보에 처음 발표되었을 때, 우려스러운 점이 생겼다.
로버트 후크라는 학자는 장황한 비평서를 썼다. 뉴턴도 후크의 비판에 응하는 편지를 써서 서로 맞받아쳤다. 두 사람의 관계는 점점 나빠졌다.싸움은 후크가 죽고 나서야 끝이 났다. 처음 비난을 받은 지 31년 만의 일이었다. 이 역시 과학계 전체에 큰 손실이었다. 뉴턴은 후크가 죽은 후에야 그의 광학 작업을 발표했다. 이것은 미적분학에 관해서도 일어났다. 오늘날 "미국 우선주의 논쟁"이라고 불리는 독일의 학자 고트프리트 빌헬름 라이프니츠였다. 1675년 라이프니츠는 독자적으로 고안한 미적분학을 발표하였다.
그러나 뉴턴은 미적분이 그의 첫 발명품이라고 주장했고, 라이프니츠는 그것을 훔쳤다. 사실 뉴턴은 이미 기적의 해에 미적분학을 생각해내어 그것을 쓰고 1669년 스승 아이작 바로에게 보여 주었다. 뉴턴이 먼저 생각해 냈지만, 공식 발표는 분명히 라이프니즈였다. 그래서 두 사람은 명예를 공유할 수도 있었다. 그러나 뉴턴은 두 번째 발명가는 중요하지 않다며 왕립학회에 분쟁 해결을 요청했다. 그리고 수학 역사상 가장 큰 논쟁이 있었다. 하지만 뉴턴은 왕립 협회의 회장이었고 토론은 공정하게 진행되지 않았다. 이 추악한 싸움도 1716년 라이프니츠가 죽은 뒤에야 끝이 났다. 1687년에 뉴턴은 자연철학의 수학 원리라는 책을 출판했다. 이 책은 에드먼드 핼리가 쓴 것으로, 그는 자신의 연구 성과를 발표하는데 인색했다. 그는 뉴턴에게 책을 쓰라고 설득했고 중도에 포기하지 말라고 격려했다. 1686년 4월 28일 왕립학회가 이 책의 제1권에 해당하는 책을 출판하게 한 것은 바로 그였다. 그리고 총 3권의 책을 출판하는 데 쓴 인쇄비까지 지불했다.
기념비적인 책에는 뉴턴의 3가지 관성법칙인 운동법칙, 작용반응법칙, 중력법칙, 천체의 운동법칙이 수록되어 있다. 이 책은 출간되자마자 걸작으로 칭송되었다. 그리고 철학자 존 로크 같은 사람은 뉴턴을 신으로 여기기까지 했다. 1727년 3월 20일 뉴턴은 85세의 나이로 세상을 떠났다. 뉴턴은 자기 자신에 대해 이렇게 말한 적이 있다. "세상을 어떻게 보는지 모르겠소. 하지만 나는 내가 해변에서 놀고 있는 소년이라고 생각했다. 내 앞에는 아무것도 발견되지 않은 진리라는 거대한 바다가 있고, 때로는 평소보다 더 부드러운 돌이나 더 예쁜 조개껍질을 발견하는 것을 즐거워하는 소년이 있다." 그러나 그는 단순한 소년이 아니었다. 그는 거인이었다. 그러던 어느 날, 또 다른 과학자가 그의 어깨에 서서 더 먼 곳을 바라보았다.
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